По данным специалистов, пилот «Боинга», летевшего навстречу российскому самолету, действовал по инструкциям электронной системы, которая рекомендовала снижаться во избежание столкновения. Пилот Ту-154, в свою очередь, последовал точно таким же указаниям о снижении со стороны наземной диспетчерской службы.
Диспетчера, который находился на дежурстве в ту ночь, через полтора года после трагедии убил россиянин Виталий Калоев, у которого в катастрофе погибли жена и двое детей. Впоследствии Калоев был приговорен в Швейцарии к восьми годам тюрьмы.
Спустя два года после катастрофы диспетчерская фирма признала свою ответственность за ошибки, которые привели к столкновению самолетов. Президент Швейцарии Йозеф Дайс направил российскому президенту Владимиру Путину письмо, в котором официально принес извинения за случившееся.
Позже земельный суд города Констанца вынес решение, согласно которому ответственность за катастрофу самолета «Башкирских авиалиний» должна нести Германия. Суд постановил, что воздушное пространство, в котором произошло столкновение самолетов, официально находится в зоне ответственности Германии. Хотя швейцарские диспетчеры контролируют там движение воздушных судов со времени окончания Второй мировой войны, двустороннее соглашение об этом не подписано до сих пор.
Судьи пришли к выводу, что диспетчеры на Земле допустили более серьезные ошибки, чем пилоты в воздухе. «Башкирские авиалинии» требовали от Германии около 2,6 млн. евро за полностью разрушенный самолет «Ту-154», а также возмещение расходов на похороны более 70 погибших и на возможные финансовые претензии их родственников.
Авиакомпания «Башкирские авиалинии» подала иск против Германии на возмещение ущерба. Компания посчитала, что Германия не смогла обеспечить безопасность своего воздушного пространства и должна возместить 2,6 миллиона евро за потерю самолета Ту-154. Кроме того, российский истец хотел, чтобы немецкое правосудие признало компанию невиновной перед родственниками погибших в этой катастрофе.
Германия отвергла эти требования. По словам представляющего ее адвоката, Skyguide после передачи ей контроля за движением в воздушном пространстве юга страны сама должна отвечать за свою ошибку. Шансы на победу у российской авиакомпании появились, когда стало известно, что швейцарская Skyguide контролирует воздушное пространство над югом Германии не в силу двусторонних соглашений, а на «рабочем уровне» со времен Второй мировой войны. «Так продолжали делать потому, что ничего не происходило до 2002 года», – сказал председатель суда.