Допрос Крайнова начался в Хамовническом суде Москвы 28 сентября и продолжился 29 сентября. Отвечая на вопросы адвокатов, а также на вопросы самих Ходорковского и Лебедева, Крайнов заявил, что при фактах хищения нефти, вменяемых фигурантам дела, он не присутствовал и о сути обвинений ничего не знает.
В связи с этим Ходорковский возразил против допроса Крайнова, заявив, что в результате действий председательствующего судьи, который "не ограничивает сторону обвинения пределами судебного разбирательства", суд второй день допрашивает свидетеля, который "не знает не только о вменяемом событии преступления, но даже не слышал названия тех точек, где происходит передача нефти из трубопроводной системы так называемых потерпевших в трубопроводную систему госкомпании 'Транснефть'".
Андрей Крайнов, вместе с Ходорковским и Лебедевым, был приговорен в 2005 году по делу о хищении ценных бумаг ОАО "Апатит". Крайнов получил пять лет условно, в то время как Ходорковский и Лебедев были приговорены к девяти годам колонии общего режима каждый — одним из оснований приговора стали показания Крайнова. Впоследствии Мосгорсуд снизил приговор бывшим руководителям "ЮКОСа" до восьми лет.
Второе дело против Ходорковского и Лебедева было возбуждено в 2005 году. Предприниматели обвиняются в хищении нефти на сумму более 892 миллиардов рублей и легализации денежных средств, полученных от ее продажи. Кроме того, их обвиняют в хищении ценных бумаг дочерних компаний ОАО "Восточная нефтяная компания" на сумму 3,6 миллиарда рублей.
Как сообщалось ранее, на втором процессе Ходорковского и Лебедева обвинение намерено допросить в суде 250 свидетелей.