Начиная с сентября 2009 года приборы "Коронас-Фотон" периодически отключались в аварийном режиме. Из-за постоянно возникающих неполадок ученым не удалось провести уникальные непрерывные наблюдения Солнца. Окончательно спутник вышел из строя в конце декабря. Вероятной причиной поломки "Коронас-Фотон", по мнению инженеров, стала неверная оценка ресурса его аккумуляторов.
Ведущий научный сотрудник Физического института имени Лебедева РАН (ФИАН) Сергей Богачев объяснил, что аккумуляторы накапливают энергию пока спутник освещен Солнцем и отдают ее, когда аппарат находится в тени. Неверная оценка энергопотребления самого спутника и, соответственно, неадекватная мощность аккумуляторов привели к тому, что приборы "Коронас-Фотон" перестали получать электроэнергию. В настоящее время у ученых также нет связи со спутником. В ближайшие дни спутник будет освещен солнечными лучами. Инженеры не исключают, что полученной энергии может хватить на подзарядку аккумуляторов, однако оценивают шансы на это как низкие.
За время своей работы "Коронас-Фотон" сделал множество фотографий Солнца, в том числе, в рентгеновском и ультрафиолетовом диапазонах. Эти снимки ученые использовали, в частности, для поиска признаков нового цикла солнечной активности. Он должен был начаться еще в мае 2009 года, однако характерных изменений на звезде так и не произошло. В самом начале 2010 года исследователи обнаружили обнадеживающий рост активности.