Стыковка грузовика с МКС запланирована на 15:58 воскресенья, 12 сентября, и должна пройти в автоматическом режиме. "Прогресс" доставит на станцию 2,5 тонны грузов, в том числе запас кислорода, топливо, продукты, медикаменты и оборудование для американского сегмента МКС.
Кроме того, грузовик привезет на орбиту бланки переписных листов для Всероссийской переписи населения 2010 года. При помощи "Прогресса" дважды — 15 сентября и 14 октября — будет произведена коррекция орбиты Международной космической станции.
Изначально планировалось, что "Прогресс" будет запущен 8 сентября, однако в тот день скорость ветра на Байконуре достигла 15 метров в секунду при том, что максимально допустимое составляет 20 метров в секунду.
Стыковать два предыдущих корабля серии "Прогресс" космонавтам пришлось в ручном режиме, а "Прогресс М-06М" в итоге удалось присоединить к МКС только со второй попытки. Причиной неудачной стыковки стала зашумленность канала ультракоротковолновой связи, которая привела к формированию ложной команды. Кроме того, сообщалось, что космонавты случайно нажали не на ту кнопку на пульте управления.