В 2008 году заместитель генерального прокурора Ренат Кузьмин возбудил уголовное дело по факту разбойного нападения на одного из партнеров юридической компании "Корпоративные технологии", адвоката Ивана Гранцева, в котором принимали участие зять В.Супруненко и Д.Комарницкий. Нападение произошло 2 сентября 2005 года в помещении Киевского городского Бюро технической инвентаризации.
Газета "Сегодня" со ссылкой на собственные источники называет причиной конфликта имущественные споры вокруг полиграфического комбината "Книга", расположенного в Киеве по улице Артема. Однако сразу после возбуждения дела прокурор Александр Медведько принял постановление об отмене уголовного дела в отношении В.Супруненко и Д.Комарницкого и дело было переквалифицировано в "фактовое".
По неофициальным данным, В.Супруненко был ключевой фигурой в незаконном отчуждении активов во время нахождения у власти в столице так называемой "молодой команды" Л.Черновецкого. Именно он согласовывал все вопросы выделения земельных участков и коммунального имущества, однако, на официальных документах его подписи нет.