Алексанян был арестован по делу ЮКОСа в 2006 году. Генпрокуратура предъявила ему обвинения по двум статьям Уголовного кодекса РФ — в легализации, отмывании денежных средств и в присвоении или растрате, то есть хищении, чужого имущества.
В сентябре 2006 года у Василия Алексаняна был диагностирован СПИД в тяжелой стадии. Во время заключения здоровье Алексаняна значительно ухудшилось. Он практически ослеп, а также заболел раком печени и туберкулезом. Его отказывались выпустить из заключения. Освободили только в 2008 году — под залог в 50 млн рублей.
В 2010 году дело против Алексаняна прекратили дело за истечением сроков давности. После этого залог родственникам вернули.
"Когда городской суд принял это решение, об освобождении под чудовищно большой залог – 50 млн рублей – мы еще не знали, что ЕСПЧ признал арест Василия и продление срока содержания под стражей незаконным. А российская сторона, прокуратура в том числе, знала, поэтому суд и принял такое решение, – вспоминает теперь бывший адвокат Алексаняна Елена Львова, чье свидетельство приводит Газета.Ru. – Я тогда предлагала не вносить этот залог, а добиваться исполнения решения ЕСПЧ. Я говорила: "Вася, надо потерпеть". Но он отвечал, что каждый день на свободе ему дороже".
Василий Алексанян являлся начальником правового управления ЮКОСа. Кроме того, он представлял в качестве адвоката интересы главы ЮКОСа Михаила Ходорковского и бывшего главы компании ЮКОС-Москва Василия Шахновского.
Алексаняна задержали 6 апреля 2006 года и предъявили ему обвинение по двум статьям УК РФ — "Присвоение или растрата чужого имущества" (ст.160) и "Легализация, отмывание денежных средств или иного имущества, приобретенных другими лицами преступным путем" (ст.174). В частности, его обвиняют в хищении акций и имущества "Томскнефти" на сумму более 12 млрд рублей, а также в отмывании денежных средств в результате хищения акций, которые потом были легализованы.
14 июля 2006 года Генпрокуратура предъявила ему новое обвинение — в уклонении от уплаты налогов с физического лица (ст.198 УК). Сам Алексанян вины не признал.
После обнаружения у него смертельно опасных заболеваний в 2008 году Алексанян был госпитализирован в гражданский стационар, при этом суд оставил бывшего вице-президента ЮКОСа под стражей. 8 декабря 2008 года Мосгорсуд решил освободить его под громадный залог в 50 млн рублей, ближе к Новому году родственникам и близким удалось собрать требуемую сумму.
Из больницы Алексанян был выписан 12 января. Позже он сообщил, что врачи не рекомендовали ему участвовать в судебных заседаниях, однако сказал, что готов явиться в суд, если потребуется. "Но это, очевидно, представляет угрозу. Любая инфекция для меня может стать роковой", — добавил он.
В середине января 2009 года Симоновский суд решил возобновить процесс по делу, поскольку поступили сведения о том, что Алексанян выписан из больницы и может принимать участие в заседаниях. Защита каждый раз была вынуждена приносить все новые справки о том, что посещение публичных мест, в том числе суда, для Алексаняна смертельно опасно.
Суд принял решение о направлении собственного запроса в Гематологический центр РАМН — лечебное учреждение, где находился Алексанян. Там не рекомендовали бывшему вице-президенту ЮКОСа появляться в публичных местах, в том числе в суде.