Ранее о намерении предъявить 7 октября обвинение Гайтукаеву сообщил СК РФ. Убийство квалифицируется следователями, как совершенное по найму, организованной группой и в связи с профессиональной деятельностью журналистки.
По версии следствия, Гайтукаев получил заказ на убийство Политковской в июле 2006 года. К осуществлению преступления они привлек своих племянников, братьев Махмудовых, бывшего сотрудника столичного УБОПа Сергея Хаджикурбанова, и подполковника милиции Дмитрия Павлюченкова.
В августе 2006 года Гайтукаев был арестован за другое преступление. Руководство покушением перешло к Хаджикурбанову, которому Гайтукаев передавал инструкции по телефону из СИЗО. Исполнителем убийства стал, по данным следствия, один из братьев Махмудовых, Рустам.