Большую часть времени в СИЗО Толоконникова пишет, читает (в том числе Библию) и говорит на политические и социальные темы с другими заключенными. По словам участницы Pussy Riot, они обсуждают "вечные ценности, литературу, кино, Бога и гомосексуализм".
На вопрос, не собирается ли Толоконникова после выхода из заключения уехать из России, она ответила, что не думает об эмиграции, так как тесно связана с русской культурой. При этом она не исключает возможности получить образование за границей.
Толоконникова отметила, что может организовать собственную партию или вступить в уже существующую, но только после того, как получит соответствующее образование.
В интервью Толоконникова, как и на суде, подчеркнула, что своей акцией в храме Христа Спасителя группа не хотела оскорбить чувства верующих. По ее мнению, акция была представлена как богохульство усилиями подконтрольных государству СМИ, которые замалчивают политический характер акции — критику сращивания госаппарата с Русской православной церковью.
Немецкие журналисты передали Толоконниковой свои вопросы через адвокатов. Она ответила на них в письменной форме. Первые записи заключенной были изъяты сотрудниками СИЗО, однако затем адвокатам удалось пронести их незаметно.
Хамовнический суд Москвы 17 августа приговорил участниц группы Pussy Riot Надежду Толоконникову, Марию Алехину и Екатерину Самуцевич к двум годам колонии за "панк-молебен" в храме Христа Спасителя. 10 октября в Мосгорсуде состоялось рассмотрение кассационной жалобы на приговор. В результате суд заменил наказание Самуцевич на условный срок, и она была отпущена на свободу в зале суда. Приговор Толоконниковой и Алехиной остался без изменений.